Брати вже давно стали дорослими. Ед домігся успіху в бізнесі, а його старший брат обзавівся дружиною і дітьми. Але взаємини між родичами майже не змінилися. Молодший досі впевнений, що всі питання вирішуються за допомогою грошей, а старший виступає різко проти подібного підходу. Одного разу між героями мультфільму «Бебі бос 2» розгорається суперечка, яка загрожує перерости у велику сварку. Дочці-малятку Тіма доводиться показати свою справжню сутність. Тепер вона є босом і управляє таємничою корпорацією. Дівчинка за допомогою розробленого еліксиру перетворює батька і дядька в малюків. Це потрібно для того, щоб вони виконали важливу місію. Якийсь геній реалізує план, де головною зброєю будуть виступати злісні немовлята. Тім і Ед повинні проникнути в його корпорацію, здобути важливу інформацію і перешкодити здійсненню плану. Чи зможуть герої мультфільму домогтися успіху в якості агентів під прикриттям?