Існує спеціальний загін, який намагається запобігти будь-яким терористичним актам. У цьому підрозділі служить Ітан Хант. Він виконує найважчі завдання. У Мінську агент вийшов на сліди таємничого «Синдикату». Ця організація ставить перед собою завдання встановити новий порядок у світі. До складу «Синдикату» входить багато колишніх співробітників спецслужб. Вони хочуть зробити ряд гучних терористичних актів, які розбурхають громадськість. Розпочнеться паніка і хаос. Тоді до влади прийдуть інші люди.
Ітан мало не загинув, але його врятувала Ільза Фауст - британський агент під прикриттям. Керівництво не повірило Ханту і його навіть відсторонили від роботи. Тоді Ітан заручившись підтримкою свого колеги Бенджі Данна, починає самостійно боротися проти «Синдикату». Він вистежив главу злочинного співтовариства Соломона Лейна. Останньому дивом вдалося уникнути арешту. У кінокартині «Місія: нездійсненна 6», Ітан продовжує боротьбу проти Лейна і його послідовників. Синдикат готує новий грандіозний терористичний акт. Тільки Хант зможе його зупинити.