Нео остаточно усвідомив свою «обраність» і готовий йти по призначеному шляху, ось тільки він не знає, що конкретно повинен робити. Адже не можна просто знищувати всіх агентів або витягнути всіх з матриці. Потрібно зруйнувати систему. Але як це можливо, якщо машинам належить вся планета, і вони аж ніяк не беззахисні. Відповіді допоможе знайти Піфія ... Для того, щоб людство знову знайшло свободу потрібно вдарити в самий центр, де сходяться нервові закінчення матриці, осередок цього віртуального концтабору. Щоб подібне стало можливим Нео повинен зрозуміти внутрішню суть світу, що став в'язницею для всієї людської раси. А тим часом машини вже усвідомили витікаючу від Нео загрозу і не збираються чекати свого кінця, нічого не роблячи. Але це далеко не кінець проблем: в цю гонку вступає новий учасник, який переслідує власні цілі. Це новий, але одночасно і старий ворог.