У 1944 році в окупованій Польщі юний Ерік Леншерр стає свідком убивства своєї матері доктором Клаусом Шмідтом, після чого вперше повністю проявляє здатність керувати металом. У той самий час у Нью-Йорку юний Чарльз Ксав’єр знайомиться з Рейвен, мутанткою, здатною змінювати зовнішність. Через майже 20 років Ерік полює на колишніх нацистів, прагнучи знайти Шмідта, який тепер переховується під ім’ям Себастьян Шоу. Чарльз тим часом досліджує мутації та разом із агенткою ЦРУ Мойрою Мактаггерт дізнається про небезпечний план Шоу. Чарльз та Ерік об’єднуються, щоб зупинити Шоу, і формують першу команду молодих мутантів: Містік, Звіра, Хавока, Банші, Ангела та Дарвіна. Шоу прагне спровокувати ядерну війну між США та СРСР під час Карибської кризи, використовуючи мутантів для досягнення своїх цілей. Після нападу Шоу на секретний підрозділ ЦРУ команда перебирається до маєтку Ксав’єра, де мутанти навчаються контролювати свої здібності. Поступово між Чарльзом та Еріком виникають серйозні розбіжності щодо того, чи повинні мутанти приховувати свою природу від людства. Фінальна сутичка відбувається під час Карибської кризи. Ерік перемагає Шоу та вбиває його тією самою монетою, яку той колись змушував його рухати. Однак через спробу Леншерра знищити американські й радянські кораблі Чарльз намагається його зупинити, а куля, випущена Мойрою, випадково вражає Ксав’єра, назавжди позбавляючи його можливості ходити. Ерік залишає Чарльза та обирає шлях боротьби за мутантів, називаючи себе Магнето; до нього приєднуються Містік та інші мутанти. Чарльз вирішує заснувати школу для молодих мутантів, започатковуючи майбутню команду Людей Ікс.