Дії фантастичного бойовика «Люди Ікс: Остання битва» розгортаються через деякий час після подій показаних в минулій частині фільму, в результаті яких одна з підопічних професора Чарльза Ксав'єра, Джин Грей, загинула. Це все призвело до того, що між його учнями з'явилося багато розбіжностей. Одного разу Скот Саммерс на прізвисько "Циклоп", який був хлопцем Джин, і дуже сильно любив дівчину, відправляється на місце її загибелі. Там він стає свідком того, як Джин воскресає в подобі Темного Фенікса, перейшовши тим самим абсолютно на новий рівень мутації. Ксав'єр розуміє, що тепер Джин Грей неймовірно сильна і не керована, що ставить під удар все людство. В цей час людям вдається знайти ліки, здатні перетворити всіх мутантів в звичайних людей, тим самим позбавивши їх унікальних здібностей. Попереду людей та мутантів чекає вирішальна битва, яка вирішить результат цього довгого протистояння.